Thợ Săn Thành Phố: Căn Cứ Bí Mật Shinjuku là câu chuyện về Ryo Saeba, một tay bắn tỉa đồng thời là một thám tử tư hiện đang hoạt động tại Shinjuku, Tokyo, Nhật Bản. Ryo sở hữu khả năng thiện xạ vô song, tuy nhiên lại mang nỗi ám ảnh quá mức đối với người khác giới. Anh và cộng sự Kaori Makimura làm vệ sĩ và thực hiện các nhiệm vụ khác cho khách hàng của mình. Khách hàng mới nhất của họ là Ai Shindo, một người mẫu bị tấn công bởi những người bí ẩn và vô tình nắm giữ chìa khóa cho một âm mưu mang tính rộng lớn, bao trùm cả thành phố. Liệu họ cần phải làm gì để ngăn chặn âm mưu đó, nhằm giải cứu cả thành phố xinh đẹp?
