Sau một năm ở Mỹ, Kurisu Makise trở lại Akihabara và đoàn tụ với Rintarou Okabe. Tuy nhiên, cuộc hội ngộ của họ bị cắt ngang khi Okabe bắt đầu trải nghiệm những dòng thời gian khác nhau, lặp đi lặp lại, khi hậu quả của việc du hành thời gian của anh bắt đầu bộc lộ.
