Ryza no Atelier kể về câu chuyện của Stou Reisalin, một cô gái sống trên đảo Kurken, để tìm kiếm cuộc phiêu lưu. Cô phát hiện ra một chiếc thuyền chèo bị bỏ rơi vào một ngày hè và lên đường vào đất liền cùng những người bạn của mình là Marslink Lent và Mongart en Tao. Trên đường đi, Ryza gặp nhà giả kim Vollmer Empel và người bạn đồng hành của anh ta là Decyrus Lila, người đã đặt cô vào con đường học hỏi thuật giả kim và những cuộc phiêu lưu đan xen của cô. Cô sớm khám phá ra sự thật về ngôi nhà của mình.
