Các anh hùng của chúng ta phải bảo vệ Hoàng tử của Biển Manaphy khỏi tên cướp biển độc ác Phantom và đưa Pokémon nhỏ tuổi trở lại Ngôi đền Biển với sự giúp đỡ của Người dân của Nước và Jackie, the Pokémon Ranger.
