Nội dung xoay quanh Daimon Kai, một nam sinh yêu thích những câu đố (puzzle), đang học tại học viện Root. Một ngày, chủ tịch hội học sinh chỉ dẫn cậu tới một khu vực đổ nát dưới lòng đất của trường. Tại đó, cậu cùng với cô bạn gái Nono đã cùng nhau giải một câu đố được xem là không thể giải được, do một tổ chức tình báo bí mật tên là POG tạo ra. Khi giải nó thành công, Kai to trở thành một người giải đố, và từ đây cậu phải hợp tác với những người giải đố khác để chống lại những bí ẩn mà POG đặt ra trên toàn thế giới.
