Bối cảnh câu chuyện Musai gen no Phantom World Anime diễn ra trong tương lai, nơi các hiện tượng siêu nhiên tồn tại, và bóng ma không còn là truyền thuyết. Trong thế giới đó, một nhóm bạn trẻ đã sát cánh bên nhau để cùng chống lại một tổ chức thế lực hắc ám.
