Mùa thứ hai của Minami-Ke bắt đầu từ điểm kết thúc của phần đầu tiên. Giống như phần trước, nó kể về cuộc sống hàng ngày của ba chị em nhà Minami: Haruka, Kana và Chiaki, cùng với những người bạn học của họ.
