Sau thất bại của Myouri Unzen dưới tay Kurokami Medaka và Hội học sinh của cô, hòa bình đã trở lại với Học viện Hakoniwa—ít nhất là trong một thời gian ngắn. Chẳng bao lâu sau, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune và Moga Nakajima bị cuốn vào một âm mưu thâm độc khác, được gọi là Kế hoạch Flask, do chính hiệu trưởng của trường đứng đầu.
