Bối cảnh diễn ra 10 năm sau sự kiện Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's. Nanoha, Fate, Hayate và những người còn lại trong nhóm hiện đã làm việc toàn thời gian tại Cục Quản lý Không gian - Thời gian. Nanoha là một người hướng dẫn chiến đấu, Fate là một điều tra viên đặc biệt, còn Hayate là một sĩ quan chỉ huy.
