Sau khi kết thúc cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ tư trong Fate/Zero, Waver Velvet trở lại Tháp Đồng Hồ để trả món nợ máu mà cậu nợ thầy mình năm xưa, do đã gián tiếp gây ra cái chết của ông. Bất ngờ, một ngày nọ, người em gái danh nghĩa của Kayneth đã bắt cóc Waver và ép buộc cậu phải thừa kế anh trai cô, đưa cậu trở thành một trong những pháp sư cao cấp nhất của Hiệp Hội Pháp Sư, Lord El-Melloi II.