Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusana đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa. Giờ đây, cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi vẫn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, thì một kẻ thù tấn công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố. Chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên, cô không thể làm việc này một mình.
