Câu chuyện của c-ISLAND được thiết lập trên Ura shima, một hòn đảo bị cắt đứt khỏi vùng đất chính và bị cô lập bởi ba gia tộc lớn vì lý do nào đó. Một ngày nọ, một thanh niên có tên Setsuna trôi dạt vào đảo. Setsuna hoàn toàn không có ký ức nào ngoài hai điều: tên mình và anh được gửi từ tương lai để giải cứu Ura shima. Với sự giúp đỡ của ba trưởng nữ của các gia tộc, họ cùng nhau tìm cách bảo vệ và làm sáng tỏ những bí ẩn về Ura shima.
