Phần tiếp theo của Infinite Stratos SS1. Trong tương lai, một nhà khoa học Nhật Bản đã phát minh ra một bộ giáp hỗ trợ, gọi là Infinite Stratos (IS). Hiện đại và có khả năng chiến đấu tiên tiến hơn bất cứ loại vũ khí nào, IS là một mối đe dọa sẽ làm mất cân bằng thế giới. Đối mặt với một thứ vũ khí quá mạnh, các nước trên thế giới đã ký Hiệp ước Alaska, quy định rằng IS sẽ không bao giờ sử dụng trong quân sự và công nghệ IS sẽ được công bố khắp thế giới để cấm bất cứ nước nào xâm lược nước khác. Sự ra đời của IS gây nên một ảnh hưởng lớn tới cộng đồng. Vì IS chỉ có thể điều khiển bởi phụ nữ, sự cân bằng nam nữ bị phá vỡ, vai trò của phụ nữ trở nên quan trọng hơn đàn ông.
Mười năm sau khi IS đầu tiên được công bố, thế giới đã tiến vào một kỷ nguyên hòa bình. Tuy nhiên, hòa bình đó sớm tan vỡ bởi một phát hiện không thể ngờ. Một thiếu niên người Nhật 15 tuổi tên là Ichika Orimura được phát hiện có khả năng điều khiển IS. Nhận ra tiềm năng của cậu, chính phủ Nhật đã ép buộc Ichika phải nhập học Học viện Infinite Stratos, một trường học quốc tế nơi các phi công IS từ khắp thế giới vào học. Và cuộc sống là một học sinh bận rộn của cậu bắt đầu bị bao quanh bởi các cô gái.
