Bộ phim kể về hai thiên tài trẻ tuổi: Mei Kamino, một nhà nghiên cứu nữ, và Yun Arikawa, một kỹ sư nam. Họ phải đối mặt với một mối đe dọa chưa từng có cùng với những người bạn đồng hành của mình. Khi hiểm họa từ vực sâu xuất hiện, chỉ có những thiên tài trẻ Mei, Yun và nhóm của họ mới có thể đối đầu với mối đe dọa trong Godzilla Singular Point!
