Sau khi Quân đội Giải phóng Altana tạm rút lui khỏi Quận Kabuki, tình hình chiến sự dường như đã được cải thiện. Tuy nhiên, khi Oniwa Ban Shin Sengumi và cư dân của quận đang chiến đấu với tàn quân, Gengai Hiraga, nhà phát minh vĩ đại nhất của Edo, đã bị bắt cóc. Việc chịu trách nhiệm khiến kẻ thù phải rút lui bằng cách làm cho vũ khí của chúng trở nên vô dụng - vi-rút nano-machine của Gengai - hiện đang có nguy cơ bị tắt.
