Đây là câu chuyện kể về tình bạn giữa hai cô bé Mi kan Sakura và Hotaru Imai. Hai người là bạn tốt cho đến khi Hotaru phải chuyển trường đến Học viện Alice. Sau khi Hotaru chuyển đi, Mi kan đã nghe các bạn cùng lớp nói rằng Học viện Alice là một nơi rất đáng sợ. Vì quá nhớ và lo lắng cho Hotaru nên Mi kan đã lén rời khỏi nhà để lên Tokyo tìm kiếm người bạn thân của cô và cả học viện mà Hotaru đang theo học. Tại Học viện Alice, tất cả những học sinh ở đây đều có một sức mạnh đặc biệt được gọi là Alice. Sau khi được Narumi, một giáo viên tại Học viện Alice, khám phá ra cũng có Alice, Mi kan được chấp nhận vào học tại học viện. Nhưng ngay từ lúc mới bước chân vào học viện, Mi kan đã gặp phải những rắc rối đầu tiên. Thử thách của Natsume Hyuuga và Ruka Nogi để chấp nhận cô là một người thật sự có Alice. Và sau đó là những câu chuyện về tình bạn của Mi kan và những người bạn tại Học viện Alice, đồng thời cũng là chuyện tình cảm của Natsume và Mi kan.
