Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ năm vẫn tiếp tục, và sự hỗn loạn sau đó dẫn đến tiền cược cao hơn cho tất cả những người tham gia. Shirou Emiya tiếp tục tham gia vào cuộc chiến, khao khát trở thành anh hùng của công lý, cứu mọi người. Anh bắt đầu tìm kiếm sự thật đằng sau một bóng đen bí ẩn và những vụ giết người do nó gây ra, quyết tâm đánh bại nó.
