Emiya Shirou là một pháp sư trẻ đang theo học tại Học viện Homurahara ở thành phố Fuyuki. Một ngày, sau khi dọn dẹp Trường đào tạo Bắn cung ở trường học, cậu bắt gặp một cuộc chiến giữa các sinh vật siêu nhiên và cậu tham gia Chiến tranh Chén Thánh, một nghi thức mà các pháp sư gọi là Master đã đánh nhau với Servant của mình để giành Chén Thánh. Shirou tham gia trận đấu để ngăn chặn kẻ ác chiến thắng Chén Thánh và để cứu những người vô tội, nhưng mọi thứ đã sai lầm khi một Shadow huyền bí bắt đầu giết người một cách bừa bãi ở Fuyuki...
