Được cứu thoát khỏi cỗ máy Unit-01, cuối cùng Ikari Shinji đã tỉnh dậy, nhưng không hề hay biết chuyện gì đã xảy ra với bản thân và cả thế giới sau Thảm Họa Thứ Ba. Mọi thứ trở nên xa lạ với cậu, và những người cậu từng thân quen giờ đã thay đổi, xem cậu như tội phạm chiến tranh. Shinji quyết định đi tìm câu trả lời cho những gì đang diễn ra, đồng thời bảo đảm rằng Ayanami Rei cũng được cứu khỏi Unit-01. Tuy nhiên, mọi chuyện lại càng trở nên khó hiểu hơn nữa khi Shinji bị cấm lái Eva, và nơi cậu đang ở không còn là Trụ sở NERV nữa.
