Sau nỗ lực thất bại của NERV trong việc lấy lại Ngọn giáo Longinus và thực hiện Dự án Công cụ Con người, sự hủy diệt do Tác động lần thứ tư gây ra phần lớn đã được ngăn chặn. Trong tình trạng hỗn loạn, Shinji Ikari, Asuka Langley Soryu và Rei Ayanami đến Làng 3, một khu định cư của những người sống sót thoát khỏi sự tàn phá của Trái Đất.
