Hậu quả của Chấn Động Thứ Tư khiến Shinji, Asuka và Rei bị mắc kẹt mà không có Evangelion của mình. Họ tìm nơi trú ẩn tại một trong những ngôi làng hiếm hoi còn tồn tại trên Trái Đất đổ nát. Ở đó, họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày là một phi công Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc. Một Chấn Động mới đang xuất hiện ở phía chân trời - một Chấn Động sẽ đặt dấu chấm hết cho Evangelion. Cuối cùng, Dự án Hoàn Thiện Con Người được khởi động. WILLE thực hiện một nỗ lực yếu ớt nhằm ngăn chặn Chấn Động cuối cùng.
