Thế giới Số đã trở nên quá đông, nên vị thần tối cao Yggdrasil quyết định thực hiện Project Ark với Chương Trình X, diệt sạch Digimon. Chỉ những Digimon được chọn mới được sống trong tân thế giới. Tuy nhiên, có những Digimon mang trong người Kháng Thể X và sống sót đến tân thế giới. Nhưng Yggdrasil coi những Digimon kháng thể X là kẻ ngoại đạo cần khai trừ. Giờ là lúc bắt đầu trận đánh sinh tử của Digimon với Yggdrasil.
