Bộ phim này xoay quanh nhân vật Tooru Amuro, còn được biết đến với bí danh Zero, và nghi vấn cảnh sát trưởng Kuroda là một thành viên của tổ chức Áo Đen. Edge of Ocean, một cơ sở mới của Vịnh Tokyo, sẽ là nơi tổ chức Hội nghị Thượng đỉnh Tokyo. Hội nghị dự kiến diễn ra vào ngày 1/5 và có tới 22.000 cảnh sát được huy động. Tuy nhiên, một vụ nổ bom cực lớn bất ngờ xảy ra tại cơ sở siêu hoành tráng này! Tại nơi đó, vào lúc xảy ra vụ việc, lại nhìn thấy bóng dáng của Amuro Tooru, thuộc tổ chức bí mật của Cảnh sát Quốc gia với bí danh Zero, đang điều khiển các cảnh sát an ninh trên toàn quốc. Tại hiện trường, cảnh sát đã phát hiện dấu vân tay của Mori Kogoro và ông bị bắt. Để chứng minh ông Mori vô tội, Conan đã bắt tay vào điều tra, nhưng liên tục bị kẻ ba mặt Amuro cản đường.
