Sau khi Makoto Naegi và những người bạn sống sót của mình trốn thoát khỏi Học viện Hope's Peak, để đến thế giới bên ngoài, họ sớm gia nhập Tổ chức Tương lai, một tổ chức chuyên chống lại sự tuyệt vọng. Ngay khi tất cả dường như đang ổn, Naegi bị bắt và bị xét xử vì tội phản bội do bảo vệ một nhóm Tàn dư của sự tuyệt vọng độc ác.
